Fondskontorets opgaver omfatter fondslovene, lenskontrollen, værgemål og båndlagte midler.
Civilstyrelsen er fondsmyndighed for alle ikke-erhvervsdrivende fonde. Kontoret fører tilsyn med, at fondsloven overholdes.
Fondsloven indeholder regler, hvorefter fonde skal have fondsmyndighedens samtykke til en række dispositioner. Det gælder blandt andet vedtægtsændringer og opløsning samt overdragelse og pantsætning af fondens aktiver.
Tilsynet føres endvidere ved, at kontoret stikprøvevis indkalder fondes regnskaber til gennemgang. Kontoret kan også foretage en undersøgelse af fondens forhold på grundlag af en henvendelse fra for eksempel fondens revisor, en godkendt forvaltningsafdeling, et bestyrelsesmedlem eller som følge af medieomtale.
Civilstyrelsen udfærdiger generelle regler for ikke-erhvervsdrivende fonde. Styrelsen har således udstedt anbringelsesbekendtgørelsen.
Erhvervs- og Selskabsstyrelsen er som hovedregel fondsmyndighed for alle erhvervsdrivende fonde.
Civilstyrelsen er dog fondsmyndighed for de erhvervsdrivende fonde, hvis hovedformål hører under justitsministeriets forretningsområde, og fonde som har flere ligestillede formål, der ikke hører under samme minister.
Fondskontoret varetager alle opgaver vedrørende kontrollen med familiefideikommisser o.lign. (lenskontrollen).
Civilstyrelsen har det øverste tilsyn med værgemål.
Kontoret er således klageinstans for statsforvaltningernes afgørelser i sager om blandt andet værgebeskikkelse, værgevederlag og forbrug af formue tilhørende personen under værgemål.
Kontoret behandler endvidere klager over afgørelser truffet af forvaltningsafdelingerne.
Civilstyrelsen fastsætter generelle regler vedrørende værgemål. Styrelsen har således udstedt værgemålsbekendtgørelsen, sagsbehandlingsbekendtgørelsen og værgevejledningen.
Fondskontoret er klageinstans for statsforvaltningernes afgørelser i sager om båndlagt arv.
Kontoret træffer endvidere afgørelser i sager om båndlagte gaver.
Civilstyrelsen udsteder generelle regler vedrørende båndlagte midler. Styrelsen har således udstedt bekendtgørelse om anbringelse og bestyrelse af myndiges båndlagte arv og cirkulæreskrivelse om båndlagt arv.